Index

_

__version__ (in module doenut) _apply() (doenut.data.modifiers.duplicate_averager.DuplicateAverager class method) (doenut.data.modifiers.DuplicateAverager class method) _check_is_input_dict() (in module doenut.designer) _compute_scaling() (doenut.data.modifiers.ortho_scaler.OrthoScaler class method) (doenut.data.modifiers.OrthoScaler class method) _get_duplicate_rows() (doenut.data.modifiers.duplicate_remover.DuplicateRemover class method) (doenut.data.modifiers.DuplicateRemover class method)

_get_non_duplicate_rows() (doenut.data.modifiers.duplicate_remover.DuplicateRemover class method) (doenut.data.modifiers.DuplicateRemover class method) _parse_selector() (doenut.data.modifiers.column_selector.ColumnSelector class method) (doenut.data.modifiers.ColumnSelector class method) _validate_value() (doenut.models.model_set.ModelSet method) (doenut.models.ModelSet method)

A

add_higher_order_terms() (in module doenut) (in module doenut.doenut) add_model() (doenut.models.averaged_model_set.AveragedModelSet method) (doenut.models.AveragedModelSet method) (doenut.models.model_set.ModelSet method) (doenut.models.ModelSet method) add_modifier() (doenut.data.modifiable_data_set.ModifiableDataSet method) (doenut.data.ModifiableDataSet method) apply_to_inputs() (doenut.data.modifiers.column_selector.ColumnSelector method) (doenut.data.modifiers.ColumnSelector method) (doenut.data.modifiers.data_set_modifier.DataSetModifier method) (doenut.data.modifiers.duplicate_averager.DuplicateAverager method) (doenut.data.modifiers.duplicate_remover.DuplicateRemover method) (doenut.data.modifiers.DuplicateAverager method) (doenut.data.modifiers.DuplicateRemover method) (doenut.data.modifiers.ortho_scaler.OrthoScaler method) (doenut.data.modifiers.OrthoScaler method) apply_to_responses() (doenut.data.modifiers.column_selector.ColumnSelector method) (doenut.data.modifiers.ColumnSelector method) (doenut.data.modifiers.data_set_modifier.DataSetModifier method) (doenut.data.modifiers.duplicate_averager.DuplicateAverager method) (doenut.data.modifiers.duplicate_remover.DuplicateRemover method) (doenut.data.modifiers.DuplicateAverager method) (doenut.data.modifiers.DuplicateRemover method) (doenut.data.modifiers.ortho_scaler.OrthoScaler method) (doenut.data.modifiers.OrthoScaler method)

autotune_model() (in module doenut) (in module doenut.doenut) average_duplicates() (doenut.data.modifiable_data_set.ModifiableDataSet method) (doenut.data.ModifiableDataSet method) average_replicates() (in module doenut) (in module doenut.doenut) AveragedModel (class in doenut.models) (class in doenut.models.averaged_model) AveragedModelSet (class in doenut.models) (class in doenut.models.averaged_model_set)

C

calc_ave_coeffs_and_errors() (in module doenut) (in module doenut.doenut) Calculate_Q2() (in module doenut) (in module doenut.doenut) Calculate_R2() (in module doenut) (in module doenut.doenut)

clear_figure() (in module doenut.plot) coeff_plot() (in module doenut.plot) ColumnSelector (class in doenut.data.modifiers) (class in doenut.data.modifiers.column_selector)

D

DataSet (class in doenut.data) (class in doenut.data.data_set) DataSetModifier (class in doenut.data.modifiers.data_set_modifier) doenut module doenut.data module doenut.data.data_set module doenut.data.modifiable_data_set module doenut.data.modifiers module doenut.data.modifiers.column_selector module doenut.data.modifiers.data_set_modifier module doenut.data.modifiers.duplicate_averager module doenut.data.modifiers.duplicate_remover module doenut.data.modifiers.ortho_scaler module doenut.designer module

doenut.doenut module doenut.models module doenut.models.averaged_model module doenut.models.averaged_model_set module doenut.models.model module doenut.models.model_set module doenut.plot module doenut.utils module drop_duplicates() (doenut.data.modifiable_data_set.ModifiableDataSet method) (doenut.data.ModifiableDataSet method) dunk() (in module doenut) (in module doenut.doenut) DuplicateAverager (class in doenut.data.modifiers) (class in doenut.data.modifiers.duplicate_averager) DuplicateRemover (class in doenut.data.modifiers) (class in doenut.data.modifiers.duplicate_remover)

E

experiment_designer() (in module doenut.designer)

F

fact_designer() (in module doenut.designer) filter() (doenut.data.modifiable_data_set.ModifiableDataSet method) (doenut.data.ModifiableDataSet method) find_replicates() (in module doenut) (in module doenut.doenut)

four_D_contour_plot() (in module doenut.plot) frac_fact() (in module doenut.designer) frac_fact_res_designer() (in module doenut.designer) full_fact() (in module doenut.designer)

G

get() (doenut.data.modifiable_data_set.ModifiableDataSet method) (doenut.data.ModifiableDataSet method) get_attributes() (doenut.models.model_set.ModelSet method) (doenut.models.ModelSet method) get_inputs() (doenut.data.data_set.DataSet method) (doenut.data.DataSet method) get_predictions_for() (doenut.models.Model method) (doenut.models.model.Model method)

get_r2_for() (doenut.models.Model method) (doenut.models.model.Model method) get_r2s() (doenut.models.model_set.ModelSet method) (doenut.models.ModelSet method) get_ranges() (in module doenut.designer) get_responses() (doenut.data.data_set.DataSet method) (doenut.data.DataSet method)

I

initialise_log() (in module doenut.utils)

L

logger (in module doenut.data.modifiable_data_set) (in module doenut.designer) (in module doenut.doenut) (in module doenut.models.averaged_model) (in module doenut.models.averaged_model_set) (in module doenut.plot)

M

map_chemical_space() (in module doenut) (in module doenut.doenut) Model (class in doenut.models) (class in doenut.models.model) ModelSet (class in doenut.models) (class in doenut.models.model_set) ModifiableDataSet (class in doenut.data) (class in doenut.data.modifiable_data_set) module doenut doenut.data doenut.data.data_set doenut.data.modifiable_data_set doenut.data.modifiers doenut.data.modifiers.column_selector doenut.data.modifiers.data_set_modifier doenut.data.modifiers.duplicate_averager doenut.data.modifiers.duplicate_remover doenut.data.modifiers.ortho_scaler doenut.designer doenut.doenut doenut.models doenut.models.averaged_model doenut.models.averaged_model_set doenut.models.model doenut.models.model_set doenut.plot doenut.utils

multiple_response_columns() (doenut.models.averaged_model_set.AveragedModelSet class method) (doenut.models.AveragedModelSet class method)

O

orthogonal_scaling() (in module doenut) (in module doenut.doenut)

OrthoScaler (class in doenut.data.modifiers) (class in doenut.data.modifiers.ortho_scaler)

P

plot_observed_vs_predicted() (in module doenut.plot) plot_summary_of_fit_small() (in module doenut.plot)

plot_training() (in module doenut.plot) predict_from_model() (in module doenut) (in module doenut.doenut)

R

replicate_plot() (in module doenut.plot)

S

scale() (doenut.data.modifiable_data_set.ModifiableDataSet method) (doenut.data.ModifiableDataSet method) scale_1D_data() (in module doenut) (in module doenut.doenut)

scale_by() (in module doenut) (in module doenut.doenut) set_log_level() (in module doenut) (in module doenut.doenut)

T

train_model() (in module doenut) (in module doenut.doenut)

tune_model() (doenut.models.averaged_model.AveragedModel class method) (doenut.models.AveragedModel class method)